A Lisbona si attende anche una decisione sulla creazione di uno scudo missilistico. Nel suo documento Rasmussen ha parlato di “minaccia missilistica molto chiara” ed ha proposto di mettere in connessione tutti i sistemi anti missilistici di cui gli alleati già dispongono. Nella proposta del Segretario Generale, la costruzione di un sistema anti-missile include di estendere l'invito alla Russia, la cui cooperazione è considerata indispensabile.
A Bruxelles è stato anche concordato di portare le agenzie di servizio dell'Alleanza da 14 a 3 e di riformare la struttura del comando militare per ridurre i costi e rendere meno statica l'organizzazione. Per gli undici comandi militari - che saranno portati a sei - si punta a passare da 13 mila a meno di 9.000 dipendenti. La sede delle tre nuove agenzie (acquisizioni, logistica e comunicazioni) e i tagli ai dipendenti saranno decisi dopo il Vertice di Lisbona.